Охрана здоровья военнослужащих достигается систематическим их закаливанием и занятиями физической подготовкой и спортом, осуществлением санитарно-противоэпидемических (профилактических) и лечебно-профилактических мероприятий, поддержанием здоровых условий службы и быта.

Основными задачи медицинской службы Академии являются: организация и проведение лечебно-профилактических мероприятий среди личного состава Академии; оказание медицинской помощи больным, их лечение и медицинская реабилитация; организация и проведение диспансеризации военнослужащих Академии; организация и оказание неотложной медицинской помощи в Академии; медицинское обеспечение повседневной деятельности академии: учебного процесса, боевой и специальной подготовки личного состава академии, строительных, хозяйственных работ и других мероприятий; осуществление в Академии государственного санитарно-эпидемиологического надзора, медицинского контроля за условиями жизнедеятельности личного состава; проведение военно-врачебной экспертизы в случаях и порядке, предусмотренных законодательством Российской Федерации; проведение окончательного медицинского освидетельствования кандидатов для поступления в Академию.

В Академии имеется собственная поликлиника, в которой военнослужащим круглосуточно будет оказана любая медицинская помощь. Основными способами определения состояния здоровья являются диспансеризация, амбулаторное, стационарное лечение военнослужащих.

Медицинской службой Академии ведется постоянный контроль состояния здоровья личного состава, проводится активное раннее выявление заболевших и их госпитализация в военные госпитали. Квалифицированная медицинская помощь личному составу Военной академии осуществляется в филиале №3 ФГКУ «422 ВКГ» МО РФ г. Кострома. При необходимости в оказании специализированной, в том числе высокотехнологичной, медицинской помощи военнослужащие направляются в военно-медицинские организации ФГКУ «1586 ВКГ» г. Подольск Московской обл., ФГКУ «422 ВГ» МО РФ г. Нижний Новгород, а также другие военно-медицинские организации

Регулярно изучаются условия военной службы военнослужащих, выявляются факторы, негативно влияющие на их здоровье, с целью их последующей ликвидации.

Подготовленные и сертифицированные специалисты медицинской службы осуществляют динамическое наблюдение за состоянием здоровья, на протяжении всего периода службы (обучения), с целью своевременной корректировки образа жизни и предупреждения развития заболевания.