Ученый совет Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко является выборным представительным органом под председательством начальника академии. Порядок работы ученого совета определяется Федеральным законом от 29 декабря 2012 г. № 273-ФЗ  «Об образовании в Российской Федерации», Порядком организации и осуществления образовательной деятельности по основным профессиональным образовательным программам, реализуемым в интересах обороны государства в федеральных государственных военных профессиональных образовательных организациях и военных образовательных организациях высшего образования Министерства обороны Российской Федерации, Особенностями организации и осуществления образовательной, методической и научной (научно-исследовательской) деятельности в области подготовки кадров в интересах обороны государства, а также деятельности федеральных государственных военных профессиональных образовательных организаций и военных образовательных организаций высшего образования Министерства обороны Российской Федерации, Порядком отчисления из федеральных государственных военных профессиональных образовательных организаций и военных образовательных организаций высшего образования Министерства обороны Российской Федерации, порядок восстановления в таких организациях, порядок перевода обучающихся из одной федеральной государственной военной профессиональной образовательной организации или военной образовательной организации высшего образования Министерства обороны Российской Федерации в другую такую организацию, утвержденными приказом Министра обороны Российской Федерации от 15 сентября 2014 г. №670, Уставом Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко и настоящим положением. Деятельность ученого совета Военной академии основывается на демократических принципах свободного обсуждения и коллективного решения рассматриваемых вопросов.

Целью деятельности ученого совета Военной академии является коллегиальное рассмотрение основных вопросов деятельности Военной академии, выработка обоснованных предложений начальнику Военной академии, руководящему, научному и научно-педагогическому составу начальникам (командирам) структурных подразделений, другим категориям сотрудников по совершенствованию образовательного процесса и его всестороннего обеспечения.

Решения ученого совета Военной академии являются основанием для подготовки распоряжений органами управления Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко. Они реализуются в виде практических мероприятий, проводимых начальником Военной академии, руководящим, научным и научно-педагогическим составом, начальниками (командирами) структурных подразделений и членами ученого совета Военной академии. Кроме того, решения ученого совета Военной академии могут объявляться приказами начальника Военной академии. В этом случае они являются обязательными для выполнения всем личным составом Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко. 

В состав ученого совета Военной академии входят члены ученого совета Военной академии, избираемые из числа руководящего, научного и научно-педагогического состава, начальников (командиров) структурных подразделений и других категорий постоянного состава Военной академии, и члены совета входящие в его состав по должности: начальник Военной академии, его заместители, начальник учебно-методического и начальник отдела (организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров).

Ученый совет Военной академии рассматривает и обсуждает:

• проекты основных профессиональных образовательных программ и планы мероприятий по основным направлениям деятельности Военной академии;
• состояния образовательной, методической и научной (научно-исследовательской) деятельности, военно-политической работы и воинской дисциплины, организации и итоги набора курсантов, слушателей, адъюнктов, докторантов, а также выпуска из Военной академии;
• результаты анализа отзывовиз войск (сил) на выпускников, прослуживших один год после окончания Военной академии в воинских частях и организациях;
• результаты научной (научно-исследовательской) деятельности, педагогических исследований и экспериментов, состояние подготовки и аттестации научных и научно-педагогических кадров;
• вопросы редакционно-издательской деятельности;
• состояние и перспективы развития учебно-материальной базы;
• другие вопросы, связанные с результатом мониторинга деятельности Военной академии, а также иных видов деятельности Военной академии.

Ученый совет Военной академии принимает решения:

• о внесении на обсуждение Конференции предложений по вопросу изменений в Устав Военной академии;
• о приеме офицеров в адъюнктуру, допуске кандидатов (докторов) наук соответствующей специальности к научному руководству подготовкой;
• о представлении творческих отпусков соискателям ученой степени для завершения диссертаций;
• об утверждении тем кандидатских диссертаций и развернутых планов подготовки диссертаций;
• о целесообразности продолжения подготовки в адъюнктуре;
• об итогах завершения подготовки адъюнктов;
• о представлении в установленном порядке руководящего состава и научно-педагогических работников к присвоению ученых званий и утверждении результатов экспертизы ходатайств о присвоении ученых званий, рассматриваемых по поручению федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере образования;
• о выдвижении кандидатов в соответствующие академии наук на присвоении государственных премий, а также для назначения именных и других персональных стипендий, в том числе стипендий Президента Российской Федерации, специальных государственных стипендий ПравительстваРоссийской Федерации и стипендий Министерства обороны Российской Федерации;
• о проведении обсуждения и выборов по конкурсу на замещение вакантных должностей научно-педагогических работников, выборах заведующих кафедрами, конкурсом избрании претендентов на вакантные должности преподавательского состава, замещаемые лицами гражданского персонала академии;
• о перераспределении учебной нагрузки между  профессорско-преподавательским составом с учетом объёма их методической и научной (научно-исследовательской) деятельности;
• о разрешении проведения учебных занятий научным работникам;
• о перераспределении должностей преподавательского состава между кафедрами в зависимости от объема их образовательной, методической и научной (научно-исследовательской) деятельности, а также должностей научных работников между научными (научно-исследовательскими) подразделениями в соответствии с планами научной (научно-исследовательской) деятельности на срок не более одного года без увеличения штатной численности и фонда заработной платы.

Ученый совет Военной академии проводит экспертизу аттестационных документов, представляемых для присвоения ученых званий профессора и доцента.

Заседание ученого совета Военной академии проводится, в соответствии с планом работы ученого совета на учебный год, в третью неделю каждого месяца. Председателю ученого совета Военной академии предоставляется право принимать решение об ином времени проведения заседаний ученого совета Военной академии.

Решения ученого совета Военной академии принимаются открытым или тайным голосованием.

Решения ученого совета Военной академии принимаются простым большинством голосов его членов ученого совета Военной академии, присутствующих на заседании. Решения ученого совета Военной академии по вопросам присвоения ученых званий и избрания на должности научно-педагогического состава принимаются тайным голосованием в установленном порядке. Порядок принятия решений по другим вопросам (открытым или тайным голосованием) определяется ученым советом Военной академии. Решение ученого совета Военной академии правомочно, если на заседании присутствовало не менее 2/3 его членов и за решение проголосовало более 50% присутствующих, что должно подтверждаться явочным листом с подписями членов совета Военной академии.

Решение считается принятым при большинстве не менее чем в две третьи голосов членов ученого совета Военной академии, присутствующих на заседании.