Второй факультет организационно состоит из командования факультета, начальников курсов, курсовых офицеров-преподавателей и учебных подразделений.На факультете обучаются курсанты по специальности «Радиационная, химическая и биологическая защита». По окончании обучения выдается диплом о высшем образовании государственного образца и присваивается воинское звание «лейтенант» и квалификация – специалист в области радиационной, химической и биологической защиты.
На факультет принимаются лица, не проходившие или прошедшие военную службу, получившие среднее общее образование (после окончания средней школы и лицеев), среднее профессиональное образование (после окончания техникумов, колледжей), а также военнослужащие, проходящие военную службу по призыву и по контракту, имеющие среднее общее или среднее профессиональное образование.
На факультете огромная роль отводится подготовке и воспитанию будущих офицеров. Проводится постоянная работа с личным составом в повседневной деятельности, курсантам дается возможность для самореализации.
За последние 5 лет по специальности «Радиационная, химическая и биологическая защита» 4 выпускника окончили академию с золотой медалью и 16 с красным дипломом.